荒园上建起的寺庙

狮子林，开始写作师子林，称谓师林寺，初为佛教古刹。元朝至正二年（1342），僧天如禅师维则（一作惟则）建。《姑苏志》卷二十九记道：“多聚奇石，状类狻猊，故取佛氏语名，一名菩提正宗寺。”据元欧阳玄至正十四年（1354）甲午十月癸未撰写的《师子林菩提正宗寺记》说，园址一带，“其地本前代贵家别业”，《吴门表隐》云，系章琼宅。由此得知，此处原为宋朝官宦的废园。另据顾颉刚《苏州史志笔记》中的《苏州的历史和文明》一文论及，北宋徽宗在汴京（即今河南开封）营建大假山，召回官员来江南选取太湖石，史称“花石纲”。湖石还没有运完，适金兵入汴京，北宋消亡，有部分运到姑苏而未北去的湖石，被弃捐在荒园里。

据史料记实，初建时，师子林极为简陋，维则等僧人就在树下搭建了几间小屋，壬午（1342年）“正月作，仲春成，三月入居之”。众僧的留存也是很费劲的。维则推托来自各个方面的公选私举，与他的弟子们在师子林下，用地炉烧柏子，蒿汤当点茶，吃了半年多的粥饭，没有半丁点油水，惟有天目山萝卜头、苋菜根，东咬西嚼，聊以自娱。

历经变故的宗教场合

元代至正二年（1342）狮子林建设初始，约至清康熙年间（约1703年），属宗教场合，由僧人筹算。继第一任主持天如禅师维则以后，由维则的高足卓峰上人接任。

元末明初，朝代更迭，社会骚乱。张士诚东床潘元绍曾歇息在狮子林相近（至今有巷称潘儒巷），“前后左右皆有别业”。明洪武初年，师子林“分隔承天能仁寺”统领，时为第三任的方丈是如海上人（生卒年不详），又称因公，高昌人。他在狮子林原有的八景根蒂根基上又得十二景，即师子峰、含辉峰、吐月峰、小飞虹、禅窝、竹谷（旧名栖凤亭）、立雪堂、卧云室、指柏轩、问梅阁、玉鉴池、冰壶井，因而遍请吴下诗人题咏，乃有《师子林十二咏》之辑，作者有高启、张适、王行、谢徽、申屠衡、张简、陶琛、释道衍。洪武五年（1372）七月，着名骚人高启为之序，并在《师子林十二咏序》中纪录了那会的状况：苏州寺庙兴盛时，无数十百处，此中嵬峨宏丽的，狮子林弗成与其对比，但皆因兵灾热烈繁华。“而师子林泉益清，竹益茂，衡宇益完，人之来游而纪咏者益众”。

洪武六年（1373）癸丑十二月，驰名画家倪瓒应如海上人之邀作《师子林》图（长卷），以园中意境作《狮子林》图并题：“余与赵君善长以意商確作狮子林图，真得荆关遗意，非王蒙辈所能梦见也，如海因公宣宝之。”

自倪瓒作《师子林》图后，狮子林的名声大振，一度为吴门文人赋诗作画之地，成为名胜地点。倪瓒的《师子林》图曾为驰誉收藏家孙退谷珍藏，现藏于北京故宫博物院。元末明初闻名画家朱德润、徐贲、杜琼也分别为狮子林作画。倪、徐二人的画，后均由清廷收藏，著录于《石渠宝笈》。

狮子林作为禅宗的场合，浩繁官员、文人来此参禅和雅集，所作诗文参与后编的《师子林纪胜集》，多有描画园林胜景之作，其中有道衍僧人诗句“胜逾林屋洞”，反映假山中有相当畛域的石洞；还记实了他入仕后，于永乐十五年（1417）三月为已故密友徐贲的《师子林图跋》题记。在明嘉靖二十二年（1543）六月望日陆深（1477-1544，松江贵寓海县人）所写的《跋师子林图》中，尚有一段对付道衍与尚“复其姓，赐名广孝”后，于永乐二年（1404）八月回乡省亲访友的趣闻：“尝闻荣公（即道衍与尚）以少师还吴，访其师于师子林”，终于被拒之门外，至夜漏深，以微服前去，叩后门求见，被一瞑目危坐的僧人当头喝棒：“僧人撇下本身事，却去管他人家事，恁么？”道衍与尚怃但是去。

约在明代永乐年间（1403－1424），如海上人圆寂。嘉靖十三年（1534），寺中僧人散去，“所存者仅颓垣败屋，朽木枯池”，“昔所称‘含晖’、‘吐月’、‘立玉’、‘昂霄’、‘栖凤亭’、‘小飞虹’、‘指柏’、‘问梅’　诸境，一切沦没于荒烟野草残霞落照间”。嘉靖中期“为势家所占，只存弥陀院”，园内建造被市民杂居，寺与园始分为二。

万历十七年(1589)，有僧人明性“买藏经持钵游长安”，化缘发愿复兴庙宇，奏请皇帝追复为“圣恩寺”。万历二十年（1592）八月，明神宗“天子敕谕直隶苏州府长洲县师子林，敕赐圣恩寺方丈及僧众人等”，“肃皇太后命工刊印续入藏经四十一函，并旧刻藏经六百三十七函”，“内旨遣中贵一人，护经若干好多卷，赐明性金襕紫衣法衣一袭，命函经师林，敕赐圣恩寺额”，由时任长洲知县江盈科露面为之分发钱粮，会集住户，复原故址，并撰《敕赐重建狮子林圣恩寺记》。接下来，明性又持钵化缘，整理旧景，并建起了佛殿、经阁、山门等，殿上新设金像。这时期，寺园内有卧云室、立雪堂、问梅阁、指柏轩、禅窝、竹谷诸景，构成了前寺后园的花色。